Le pareti sono rivestite da decorazioni in stucco bianco con cartouche, mascheroni, teste, elementi vegetali, conchiglie e stemma di Querini, realizzate dalla bottega di Antonio Ferretti (Terraroli 2000, p. 64). All’interno della decorazione plastica si inseriscono venti medaglioni a monocromo (il ventunesimo è stato distrutto duranti i lavori di apertura di una porta), disposti su due registri, raffiguranti cartine geografiche ed episodi della vita di Querini (dalla parete settentrionale, procedendo in senso orario e dall’alto in basso: Angelo Maria Querini infante offerto a Venezia dalla Nobiltà assistita da Religione, Libertà e Dottrina; studio per sette anni presso il collegio bresciano di Sant’Antonio Viennese; vestizione con l’abito benedettino nel monastero fiorentino della Badia; discussione in teologia nel monastero di San Pietro a Perugia; viaggio compiuto in Olanda attraversando la Germania; viaggio in Gran Bretagna; soggiorno nei Paesi Bassi; viaggio in Belgio e Francia; Ritorno in Italia e trasferimento a Roma, dove si impegna a redigere una storia monastica d’Italia; nomina da parte di Clemente XI nella commissione per la riforma dei testi dell’officiatura greca; designazione ad arcivescovo di Corfù da parte di Innocenzo XIII; arrivo a Corfù, nomina da parte di Benedetto XIII a vescovo di Brescia; elevazione alla porpora cardinalizia; fabbriche promosse a Brescia – seminario vescovile, completamento del Duomo Nuovo, monastero delle Salesiane a Darfo e la Biblioteca – la chiesa di Sant’Edvige a Berlino e erezione del monumento funebre a Benedetto XIII, le quattro chiese romane per le quali commissionò interventi di restauro o ricostruzione – San Marco, San Gregorio al Celio, Sant’Alessio e Santa Prassede; fondazione di un seminario nell’abbazia della Vangadizza; viaggio in Svizzera, Svevia e Baviera; Donazione da parte di Benedetto XII dei propri scritti al cardinal Querini; catafalco eretto per la morte del cardinale in Duomo nuovo). Nei cartigli in stucco si trovano iscrizioni in latino che chiariscono i soggetti raffigurati nei singoli medaglioni. Tutti i medaglioni furono commissionati dai pubblici deputati della città e furono eseguiti entro il 1753, fatta eccezione per gli ultimi quattro della parete meridionale, realizzati dopo la morte del cardinale (1755) e caratterizzati da stucchi di diversa tipologia. Secondo il Carboni, le opere sono state eseguite da Bortolo Scotti, mentre per il Tassi l’autore è da identificarsi con Enrico Albrici; secondo altre interpretazioni, si potrebbe trattare di un’opera di collaborazione tra i due artisti (Baroncelli 1975, p. 198). L’angolo sinistro della parete orientale è stato affrescato da Albrici con una finta nicchia contenente una figura femminile all’antica rappresentante l’Allegoria della Sapienza del Querini (anche detta Letteratura di Querini), circondata da libri scritti dal cardinale entro il 1753. Al centro della parete settentrionale si trova invece una lapide commissionata dagli amministratori della città, sopra la quale è posto un busto del cardinale, ritenuto dalla storiografia opera di Antonio Calegari, sormontato da un cappello cardinalizio in stucco.

Il soffitto è affrescato da Tegazzi con una complessa quadratura architettonica, con cornici aggettanti, mensoloni, volute, mascheroni a monocromo e tralci di fiori. Nelle strombature angolari sono dipinte finte finestre che riprendono forma e dimensioni delle finestre reali, rivolte verso il giardino interno. La superficie posta sopra le finestre, sia finte che reali, è occupata da angeli in monocromo azzurro su un fondo dorato con rami fogliati, rose, motivi a scacchi e a grata. I quattro putti sostengono cornucopie, fronde di quercia e corone di alloro. Tra le strombature angolari, sono poste finte balconate aperte verso il cielo, caratterizzate da balaustre a pilastrino e dalla presenza di morbidi tendaggi; dalle balconate poste sui due lati maggiori si affacciato diverse figure: sul lato settentrionale una figura in armatura con lancia ed elmo, forse Minerva, sta parlando con due donne, mentre sul lato opposto si trovano una donna e un uomo con turbante e abiti orientali. I due gruppi e i putti in volo sono opera di Pietro Gatti, autore anche del medaglione centrale raffigurante l’Allegoria della Sapienza, impersonata da una figura femminile con in mano un libro aperto, seduta su una nuvola tra putti alati con libro e cartiglio. Davanti al gruppo allegorico è ritratto un sovrano con l’armatura, da alcune fonti identificato come Salomone, che si allontana dal proprio trono, circondato da armigeri, dimostrando di non essere interessato alle ricchezze che lo circondano (diversi oggetti preziosi ai piedi della scalinata, la coppa d’oro contenente gioielli tenuta in mano da una donna e la corona retta da un paggio).